Rotfyllingen kan utføres i én seanse, men oftest er det nødvendig med to eller flere behandlinger.
Først må tannlegen undersøke tannen og ta røntgenbilder for å vurdere antallet og formen av rotkanalene. Før behandlingen starter vil du få lokalbedøvelse. Dersom nerven er død er det ikke sikkert at bedøvelse er nødvendig.
Nå starter behandlingen hvor tannlegen rensker ut den indre kjernen i tannen (pulpaen) og eventuelle bakterier og skadede tannrester. Dette gjøres ved hjelp av små rotkanalfiler som skraper ut restene av rotkanalen. Med jevne mellomrom skylles rotkanalene med saltvann for å spyle ut mindre fragmenter.
Når tannroten er komplett renset, må hulrommet fylles for å unngå at bakterier kan komme tilbake. I noen tilfeller, spesielt dersom det har vært en infeksjon med bakterier i tannroten, vil tannlegen ønske å vente med å tette igjen hulrommet for å forsikre seg om at alle bakteriene er fjernet. I så fall legges desinfiserende materiale inn i tannroten og tannen fylles med en midlertidig fylling inntil neste behandling.
Ved neste behandling vil tannlegen fylle rotkanalen endelig.
Som siste ledd i behandlingen må man behandle hullet som ble dannet for å få tilgang til selve rotkanalen. Dette gjøres enten med en fylling eller ved å legge på en krone. Fordelen med å legge på en krone er at denne beskytter selve tannen, og ofte kan tannen bli litt svakere etter en rotfylling.