De aller fleste cyster på eggstokker gir ingen symptomer eller plager og vil gå tilbake av seg selv uten noen form for behandling. Et fåtall av cystene kan derimot gi plager hos pasienten og noen få vil også kunne gi mistanke om eggstokkreft.
Behandling av cyster som gir plager eller som gir mistanke om eggstokkreft er operasjon med laparoskopi. Laparoskopisk operasjon kalles også kikkhullsoperasjon hvor kirurgen operer inne i magen gjennom svært små snitt i bukveggen.
Fordelen med laparoskopi er at operasjonen gir mindre plager i etterkant og at man kommer seg raskere etter operasjonen.
I noen tilfeller, ved spesielt store cyster blant annet, vil det være nødvendig med åpen operasjon, også kalt laparotomi.